En 1293, le bailli de Nivelles accorde aux religieux de Villers le droit de pouvoir détourner de son cours la Thyle. C’est de cette époque que daterait la construction du moulin. Il servira aussi de forge et de pressoir à huile (stordoir).
Sous la révolution française, le moulin et ses dépendances furent nationalisés et vendus comme biens provenant de la communauté dissoute de Villers. Le moulin comptait alors deux roues motrices et deux paires de meules tandis que le corps de logis couvert d’ardoises se composait de trois petites places. Il y avait aussi une grange et deux écuries aux toits de chaume, une cour, un fournil, etc.
En 1858, les propriétaires renouvellent la roue hydraulique afin d’y installer 3 paires de meules. Ils ajoutent au moulin une scierie de marbre et de pierre bleue, activée par une roue hydraulique. Fin du 19e siècle, le moulin est acheté par la famille Boël qui le transforme en une scierie à bois. Durant la guerre 1914-1918, les Allemands posent une voie ferrée depuis la gare de La Roche pour desservir la scierie.
Le moulin de Chevlipont a été transformé en plusieurs logements mis en location.